善意取得大头小尾发票是指发票号码是完整的，但发票面积超出了规定的标准，可能发票中有发票代码、发票号码、开票日期、校验码、税率等信息未被冠以政府税局的标记。

处理善意取得大头小尾发票的方式如下：

一、对于增值税发票：

1、增值税发票应当到购货方对应的收付税机关办理核销，即发票号码与原发票号码对比，当原发票销号的时候可以办理核销，即使发票面积多余规定的标准也可以办理；

2、如果发票号码与原发票号码不符，则购货方可以将此发票交由发票销售方，以替代原发票作为计算增值税的依据；

3、如果发票已经销号，则购货方需出示购货凭证及发票注销发票，以替代原发票作为计算增值税的依据。

二、对于普通发票：

1、普通发票应当向原开票单位出具发票查验申请书，并向原开票单位出具发票原件及协议书，由原开票单位按照发票法规定进行发票查验处理；

2、如果发票号码与原发票号码不符，请购货方在填写的发票注明“此发票代替原发票”字样；

3、如果发票已经销号，请购货方出具发票注销发票，在发票上填写“此发票代替原发票”，以替代原发票作为出具给税务机关的计算增值税的依据。